Мотоцикл ИЖ Юпитер выделялся множеством интересных конструкторских решений, что делало его более современным по сравнению с одноцилиндровым собратом — ИЖ Планета. Однако при попытке крупной доработки немецкой модели DKW RT 350 S конструкторы не стали следовать за ней в полной мере, а взяли лишь некоторые идеи за основу. В результате получился продукт, который страдал от недоработок, и одна из наиболее серьезных конструктивных ошибок продолжала передаваться от одной версии к другой.
Без должных улучшений мотор этого мотоцикла функционировал недолго: уже через 5 тысяч километров один из цилиндров, как правило правый, начинал отставать от своего собрата, что вызывало ухудшение тяги и могло привести к быстрому выходу поршневой системы из строя. Причиной подобной ситуации стал серьёзный конструктивный просчет, о котором многим мотоциклистам даже сейчас не известны все нюансы.
Первоначально, в отличие от ИЖ Планеты, двухцилиндровый ИЖ Юпитер требовал значительных изменений в двигателе. В частности, картер был разделён на две герметичные и изолированные камеры, что обеспечивалось специальным сальником коленвала. В этом контексте именно сальник стал источником основной проблемы данной серии.
Во-первых, он не справлялся с вибрациями от маховика, а также не выдерживал постоянных температурных перепадов и высоких статических нагрузок. Вероятно, конструкторы уже осознали эту недостаточность после первых отзывов от владельцев, но исправить ситуацию они не могли — подходящей резины в тот момент не существовало.
Тем не менее, на заводе могли игнорировать эти недостатки, указывая на то, что водители просто не умеют обращаться с высокотехнологичной техникой. Более того, нередко предполагали, что ИЖ Юпитер требует более тщательного ухода и тонкой настройки, чем ИЖ Планета. В условиях поднявшегося интереса к мотоциклам, проблемы не стали препятствием: транспорта все равно охотно приобретали, и необходимость в значительных изменениях конструкции не ощущалась.
Так, в истории ИЖ Юпитера осталось множество вопросов, касающихся недостатков в производстве и эксплуатации, навсегда запечатлённые в памяти отечественных мотоциклистов.
